2004 年
1 月，“禽流感”在越南、泰国等周边国家流行。州三医院贯彻执行国家 《传染病防治法》、 《突发公共卫生事件应急条例》 及各级卫生部门的通知，做好防范工作；成立“禽流感”防治工作组织机构，组织相关人员学习禽流感防治、诊疗、处置方法及知识，适时组织有关专家对疑似病例进行会诊，做好疫情报告、药品物资储备、消毒防护等工作。
同月，红河州机构编制委员 2003 年 10 月 24 日会议研究，并报经中共红河州委批准，以红机编 〔2004〕 3 号文件 《关于成立红河州第三人民医院的批复》，同意在原云锡公司总医院的基础上成立红河州第三人民医院，为享受相当于正县(处)级待遇的自收自支医疗卫生事业单位。同时，加挂红河州肿瘤研究防治中心牌子。设置 8 个行政管理、后勤保障科室和22 个临床医技科室。
3 月，省卫生厅印发 《云南省医疗卫生服务投诉查实处理办法(试行)》、 《2004 年全省卫生系统行风工作要点》 等一系列纠风通知，州三医院开展纠风活动。
同月，根据红河州“关于成立红河州第三人民医院的批复”及“移交、接收会议纪要”精神，以 400 张床位的编制，对临床各科室床位重新设置。
3 月 26 日，接红河州卫生局通知，红河县有一批约 40 名消化道 （疑似食物中毒） 病人，需州三医院派消化内科医生前往诊治。州三医院派出由副院长郭永昌带队、消化内科医师郑健民、沈学伟组成的急救队下午 7∶30 出发赶往红河县。
4 月，卫生部发出 《关于加强卫生行业作风建设的通知》、 《全国卫生系统开展纠正医疗服务中不正之风专项治理实施方案》，州三医院深入开展纠风活动。
4 月 6 日，元阳县发生车祸，按州卫生局指示，州三医院速派骨外科副主任医师赵林、主治医师李健华，胸外科副主任医师瞿智祥到元阳协助抢救伤员。
5 月，根据红河州干部保健重点医院工作会议精神，州三医院成立干部保健科(挂靠于预防保健科)，由业务副院长分管。
同月，州三医院肿瘤科护士长马丽芳荣获云南省卫生厅授予的云南省“优秀护士”称号。
6 月 8 日，州三医院折除外科大楼后，完成改建肿瘤住院大楼建设项目的前期行政审批程序及改建前的各项筹备工作，新建肿瘤住院楼奠基开工，工程招标由中标单位云南省建筑二公司负责施工。
6 月，州三医院贯彻执行 《云南省城市居民最低生活保障对象优待办法 （试行）》，持“低保证”到红河州第三人民医院就医者，经医务科审核批准后，可免收其普通挂号费，减收15%的住院床位费、10%的检查费、手术费，低保对象从事饮食服务等个体职业来州三医院作健康体检者，减收 30%的体检费。
同月，中纪委、国务院把纠正医药购销和医疗服务中的不正之风，解决医药购销中给予、收受回扣和医疗服务中开单提成，收受红包等问题列为本年度反腐倡廉工作的重点。根据 《中华人民共和国执业医师法》 和卫生部关于 《医务人员医德规范及实施办法 （试行）》的有关规定，制定 《红河州第三人民医院一次性投诉待岗处理办法》，并经 6 月 18 日一届一次职工代表大会通过，于 2004 年 7 月 1 日起正式实施。
同月，州三医院聘请云南贞元律师事务所为法律顾问，本年聘金壹万元，指派律师曹先明。
7 月，州三医院制定 《红河州第三人民医院考核分配(试行)办法》，以体现“按劳分配、效益优先、兼顾公平、多劳多得”的原则，此试行办法经 6 月 18 日一届一次职工代表大会原则通过，于 2004 年 7 月 1 日起试行。原考核分配办法停止执行。
7 月 1 日，州三医院在医院机关、后勤工作人员中实行“首问负责制”。
7 月 8 日，州三医院召开“纠正医疗服务不正之风动员大会”，国务院政府特殊津贴享受者、德高望重的老专家梁裳缇代表 12 名返聘老专家向全院医务工作者发出“恪尽职守，敬业奉献；以人为本，孜孜不倦；关爱患者，视同亲人；洁身自律，拒收红包；遵纪守法，拒绝回扣；诚信服务，取信于民；无恒德者，不可为医；执着追求，牢记责任” 《维护医学圣洁和尊严，拒绝红包、提成和回扣》 的倡议书。门诊、住院、药剂、机关分别向患者公示廉洁行医诚信服务承诺。
7 月，经过 10 多年临床实践和经验积累，州三医院肾病临床诊断、治疗及血液净化技术日趋成熟，多项技术指标已达到省内先进水平。为使肾脏病诊断治疗技术方面有长足的进步，成为红河州医疗卫生事业的一个新亮点，医院从软、硬件方面作了充分准备，拟适时开展肾脏器官移植手术。以院字 〔2004〕 27 号文向红河州卫生局请示，请求向州中级人民法院协调解决开展肾脏移植术所需肾源供给问题。经红河州卫生局 2005 年 1 月 30 日研究，同意州三医院开展肾脏器官移植手术项目。
同月，州三医院成立价格监督领导小组，进一步加强医疗服务价格和药品价格管理。由院长常润生担任组长，副院长郭永昌、医保办主任张福寿任副组长，制定价格管理制度和物价专管员职责。
同月，州三医院受香港“护士训练及教育基金会”邀请，护理部主任、副主任护师袁曼芸赴港学习、考察卫生医疗护理管理。
同月，州三医院成立“民主评议行风领导小组”，加强医德医风建设。
8 月，报经州卫生局批准，云南必胜天然药物研究所与州三医院签订协议，以个旧地区贫困肿瘤患者为主要对象，共同发起“个旧地区肿瘤防治援助活动”：对贫困肿瘤患者启动救助宣传、热线咨询、专家义诊、昆医二院专家会诊、提供 3 次免费检查、6 个月免费药物治疗。
同月， 州三医院制定 《红河州第三人民医院人事制度改革实施方案》，经职工代表团组长会议讨论并表决通过。方案分宣传动员、个人申请、公开竞争、组织考核、签发聘书五个阶段进行。
10 月，州三医院成立输血科(挂靠在检验科)。
同月，根据红河州卫生局转发卫生部要求“在二级以上综合医院建立感染性疾病科”的通知，州三医院将“传染科”更名为“感染性疾病科”，把发热门诊、肠道门诊、呼吸道门诊和原传染科统一纳入业务规范管理。
11 月，按人事制度改革方案的工作进程，在个人应聘、群众评议推荐的基础上，对竞聘科级干部者进行公示。无异议后，报请红河州卫生局党组批准，聘任 32 名正副科级干部上岗，有 5 名科级干部不再担任科级职务。
12 月，依照州三医院人事制度改革实施方案工作进程，对护士长的聘任通过个人应聘、群众及科主任评议推荐、院办公会研究同意，对 25 名护士长职务任免下发院字 〔2004〕 43号文件。
12 月 30 日，根据红河州卫生局 《关于成立第二届 〈红河州志·卫生志〉 编篡委员会的通知》，州三医院成立院志编篡委员会及其办公室续修 1987 年至 2005 年院志。

2005 年
1 月，在 2004 年度人事制度改革中，州三医院根据国家有关政策，一次性报批 19 名干部、44 名工人提前 1—5 年退休，获得州卫生局、人事局批准。
同月，中华医学会红河州分会、红河州卫生局主办的 《红河医刊》 第 1 期 （总第 8 期）由州三医院编辑出版。
3 月 1 日，州三医院全院工作服统一换装。
3 月 9 日，州三医院住院患者达到 436 人，病床使用率 109%，成为医院剥离云锡公司移交州政府、云锡公司全面进入医保之后住院人数最高峰值。
3 月 15 日，红河州卫生局以红卫字 （2005） 105 号文件决定，将绿春县定为州三医院对口支援单位，每年巡回医疗时间不少于 3 个月。
3 月 26 日，州三医院院长常润生参加红河州卫生局组织的赴新加坡培训 （3 月 6 日—17日） 回国后，借高科技手段向全院职工报告考察情况，使职工直观地了解国外医院的先进技术、人性化管理、优质服务等内容。
4 月 1 日，州三医院购置帕杰罗 V73 型越野车一辆 （38.4 万元）。
同月同日，州三医院收到云南省社会保险局颁发的“云南省企业职工工伤保险协议医疗机构”牌匾，成为省社保局认定的云南省企业职工工伤保险协议医疗机构。
4 月 5 日，根据政府要求、医院推荐，州三医院内五科主任、副主任医师吴耀华经个旧市人大常委会任命为个旧市人民法院的人民陪审员 （任期五年）。
4 月 21 日，州三医院院长常润生与红河州社会保险处签订 《红河州州级管理单位工伤协议医疗机构工伤医疗服务协议书》，医院挂牌成为红河州参保职工工伤保险定点医疗机构，同时“个旧市工伤保险定点医疗机构”牌匾挂墙。
4 月，州三医院内四科主任卢杰、五官科护士长高莲英荣获 2004 年度“红河州卫生系统行业作风建设先进个人”称号。
4 月 27 日，为进一步促进各项管理工作规范化、科学化、制度化，提高管理效率，州三医院调整、建立健全九个管理委员会：病案管理委员会、医院抢救委员会、院内感染管理委员会、医院学术委员会、医疗技术鉴定委员会、药事管理委员会、医疗护理质量管理委员会、健康教育委员会、大中型设备购置论证采购委员会。
5 月 21 日，鸡街铅厂 70 余人砷铅中毒，接到个旧市卫生局紧急通知后，州三医院派出主任医师李森林、副主任医师卢杰、主治医师张智刚迅速赶到铅厂诊治中毒人员，对病情较重的五名患者送回医院作进一步救治。
7 月 13 日，州三医院推荐郭永昌、汪晓洁、吴耀华、王川坤为州卫生局药品招标评标专家库成员。
7 月 15 日，州三医院第三任院长、红军老战士钟彬因病医治无效在昆明逝世，享年 88 岁。
7 月 30 日，当日 24∶00 时接州卫生局通知，元阳县发生围墙垮塌事件，要求派人到现场抢救伤员。州三医院速派副院长郭永昌带队，外一科医师李建华、李军，外二科医师张建华、徐耀端，麻醉科医师赵见云，驾驶员王永智星夜出发赶到元阳参加抢救，随后把伤势较重的 4 名儿童转到州三医院治疗。
9 月 1 日，州三医院全面开展整体护理工作并成立领导小组，组长：郭永昌、李华锋，副组长：袁曼云、高莲英、胡琳、倪忠梅，组员：各科护士长。
9 月 2 日，贯彻国家卫生部、国家中医药管理局 《关于开展“以病人为中心，以提高医疗服务质量为主题”的医院管理年活动的通知》 精神，州三医院成立“医院管理年活动”领导小组开展工作，以推进医院管理科学化、规范化和标准化建设。
9 月 22 日，药房托管即将到期，州三医院办公会决定药房继续托交给康宁医药公司管理，托管时间从 2005 年 10 月 1 日—2007 年 9 月 30 日。
9 月 29 日，新任红河州卫生局长何南飞率队到州三医院调研，院长常润生向调研组汇报医院特长、存在及需要解决的问题、工作思路、发展方向。
10 月 1 日，解决农村病人看病贵看病难的问题，本着“互利互惠、资源共享、优势互补、共同发展”原则，州三医院与个旧市鸡街医院达成合作协议。
11 月 11 日，经国家信息产业部批准，州三医院与昆明赛博思科技有限公司签订互联网服务合同，开始在互联网上发布医院信息。
11 月 15 日，云南省人民政府 〔2005〕 172 号文件 《关于表彰 2005 年度享受省政府特殊津贴专业技术人员的决定》 批准各行各业的 99 名专业技术人员享受 2005 年度省政府特殊津贴，红河州有 4 位专业技术人员获此殊荣，州三医院主任医师李森林名列其中。
11 月，州三医院投资 27 万元购进南京依维柯救护车一辆。
12 月 12 日，红河州红十字会批准医院成为州红十字会团体会员。
12 月 28 日，州三医院将天津海燕救护车无偿赠送给鸡街地区医院，以支援其建设发展。
12 月，红河州总工会授予州三医院工会“模范职工之家”称号并颁发牌匾。

2006 年
1 月 26 日，收到红卫字 〔2006〕 35 号批复，同意州三医院加挂“红河州红十字医院”牌子。
2 月 20 日，州三医院与德国西马北京远东医疗投资管理公司签定了医院管理合作协议，并着手搭建介入诊疗平台，双方开始由管理合作向经济技术合作的延伸与深化。
2 月 22 日，州三医院被红河州总工会授予 2005 年度“红河州模范职工之家”。
2 月 28 日，州三医院建立院领导、职能科长与业务科室联系制度。
3 月，州三医院率先在全州成功开展了等离子鼾症治疗术，首例实施治疗的患者是一个 7 岁的小女孩。
3 月 17 日，州三医院门诊部、急诊科合并，成立门急诊部，关跃担任门急诊部主任。
3 月 20 日，州三医院贯彻执行 《中共红河州委、红河州人民政府关于深化医疗卫生体制改革的意见》 精神，成立本着有利于医院的全面发展、有利于职工待遇的提高、有利于满足患者的合理治疗，投入深化医疗卫生体制改革。
3 月 28 日，州三医院为红河县阿扎乡沙格勒下寨村 44 岁的哈尼族妇女林来优，切除重 5 千克的巨大腹腔肿瘤，后经病理诊断为恶性卵巢颗粒细胞瘤，体积如此之大，医学上实属罕见。患者术后 6 天痊愈出院。
5 月 1 日，州三医院创办院报 《红河三院》，出版创刊号。
5 月，护理部主任袁蔓芸荣获云南省“优秀护士”称号。
同月，州三医院为一位临床上罕见的膈肌肿瘤患者顺利切除了肿瘤，取得良好治疗效果， 65 岁女患者术后一周痊愈出院，这是州三医院建院以来切除的最大一例膈肌瘤病例。经病理诊断为巨大膈肌平滑肌瘤并变性坏死，局部瘤细胞生长活跃。肿瘤体积为 20 厘米×18 厘米×9.5 厘米，重 1.9 千克。
5 月 18 日，州三医院党委重新划分党支部，原来 8 个党支部划分为 6 个。
5 月 29 日，州三医院决定将五官科分设为耳鼻咽喉—头颈外科、眼科。
5 月 31 日，州三医院向红河州卫生局上报 《红河州第三人民医院产权制度改革实施方案》。
7 月，州三医院引进经皮肾镜微创取石术应用临床获得成功，该手术在肾脏部位皮下开一个 0.6 厘米的小孔，置入先进的取石器械，采用气压弹道碎石，可对肾结石 （多发性结石、铸形结石、鹿角形结石） 尿道、膀胱、输尿管中下段结石进行碎石、取石，手术结束取石完成。
7 月 10 日，红河州金平金河县八一村 58 岁的农妇杨三妹，40 年前就发现颈部不同部位长有蚕豆粒大小的三个包块，平时无痛无痒，包块一直无明显变化，但近年包块逐渐增大，且呼吸、说话、吃东西都不正常，辗转多家医院都不能治疗，慕名到州三医院就诊。7 月 12日，州三医院肿瘤科专家会诊后，制定出手术方案。7 月 19 日，经过近 4 个小时，一次颈部手术成功去除患者三个肿瘤，从其颈部不同部位取出 5×3×2 厘米甲状腺瘤一个；8×6×3.5 厘米右侧结节并腺瘤一个；6.5×4×2.5 厘米局部滤泡上皮呈乳头状增生瘤一个。
夏，美国国立癌症研究所癌症预防与控制部 Wendy wang 博士，在中国医学科学院肿瘤研究所肿瘤流行病学室主任乔友林博士陪同下，到州三医院进行工作访问及现场考察。
8 月 10 日，收到红河州医疗卫生体制改革领导小组简报第七期，州三医院因为属于企业移交地方医院，有一些历史遗留问题，改制暂停。
8 月，肾内科主任医师李森林荣获省政府特殊津贴奖励。
9 月 27 日，州三医院妇产科副主任医师赵芸，主刀为一名 53 岁的个旧妇女，成功摘除了重达 10.5 千克的巨大盆腹腔肿瘤，是本院有记载的同类手术中成功切除的体积最大的盆腹腔肿瘤。
“九九”重阳节，为个旧市老年人发放了免挂号、诊查费的“就诊优惠卡”5000 余张，优惠金额 1.45 余万元。
11 月 24 日，一位来自个旧 35 岁的男性患者，3 天前误将自己戴的手表吞食腹中，不料手表被卡在食道中上段不能上下，造成该男子 3 天来滴水未进，食道、呼吸道疼痛难忍，生命垂危，辗转多家医院没有解除痛苦。州三医院为其 X 光检查，发现异物卡在食道中上段。为解除患者的痛苦，州三医院耳鼻喉科主任后群、医师崔振英、甘海燕在门诊部局麻下为其施行食道镜下异物取出术，将一块直径为 40 毫米、长 180 毫米的金属壳手表成功取出。
12 月 15 日，州三医院新建的外科大楼，历时 2 年半的建设竣工，通过了红河州质监站、世博监理公司等 10 余家单位的验收。大楼为框架结构，建筑面积 19535 平方米，主体工程投资 2800 万元，建设资金来源为红河州政府贴息贷款和自筹。
12 月 19 日，北京西马远东医疗投资管理公司与州三医院合作搭建介入诊疗平台而购置的大型 C 臂数字减影血管造影机及配套设备运入州三医院。
12 月 26 日，个旧市卫生局将州三医院定为“新型农村合作定点医疗机构”，并授牌。
12 月 29 日，州三医院自行开展并成功完成“激光治疗近视眼手术”10 例。