1998 年
1 月 12 日，云锡总医院肿瘤科主任苏金林当选为个旧市第十三届人民代表大会代表。
2 月 9 日，制剂室与药剂科分离，制剂室为科级建制。
2 月 12 日，云锡公司副总经理王长勇等相关处室人员到云锡总医院听取 1998 年度财务预算专题汇报并作调研。
3 月 4 日，为缅怀周总理对锡矿工人的关怀，回顾和展望云锡公司矿工肺癌防治工作，云锡总医院牵头举行“云锡公司纪念周总理诞辰 100 周年”座谈会。州、市、云锡及州、市卫生局有关领导应邀出席，医院有关科室共 30 余人参加会议。
5 月 30 日，云锡总医院对社会公开作出八项承诺。
6 月，云锡总医院组织医疗队先后三次分别走访金平、绿春、红河、元阳、河口、屏边六县，与当地卫生局、县医院进行广泛接触，拓展医疗市场，开展医疗咨询及医疗服务。
7 月，应美国国立癌症研究所邀请，云锡总医院院长燕清源、副院长姚树祥、副院长常润生赴美进行工作访问。
8 月，云锡总医院制定出台 《云锡总医院通讯工具的使用和收费管理规定》。
8 月 9 日，全国人民抵制反对邪教“法轮功”，根据上级组织要求，成立云锡总医院“610”领导小组开展工作，组长陈彝安，成员：李华锋、马宁、翟磊、陈开良、黄崇云、王子安、王彬、周平、杨仲民，办公室设在党委工作部，主任马宁，副主任黄崇云。
8 月，五一新村 25 幢职工住宅竣工验收。
9 月 4 日，成立云锡总医院减人增效领导小组。组长：燕清源，办公室主任：喻美林，组员：王子安、李华锋、代水生、马宁。
10 月 15 日，制定出台 《云锡总医院院科两级干部廉洁自律规定》。
10 月 28～29 日，为纪念周总理指示“一定要解决好锡矿工人肺癌防治”23 周年，推动肺癌防治工作的发展，中国医学科学院、中国协和医科大学、肿瘤研究所、肿瘤医院 40 周年，院所党委书记余瑶琴率领全国著名肿瘤专家一行 11 人，赴个旧市肺癌高发区进行义诊活动。专家组成员名单：院所党委书记、副主任药师余瑶琴 （女）、胸外科主任医师黄国俊、头颈外科主任医师屠规益、内科主任医师孙燕、放疗科主任医师殷尉伯、胸外科主任医师张德超、胸外科副主任医师孙克林、院所党委办公室副主任支大坤、肿瘤研究所流行病室副研究员孙秀娣（女）、中央电视台记者吕涛、翁哲。
11 月 1 日，经云锡公司同意，从即日起，云锡总医院不再负责各二级厂(矿)医院、卫生所药品、器材的采购和供应工作。
12 月 29 日，成立云锡总医院国家安全领导小组机构。
12 月，紫竹园 4、5、6 幢职工住宅竣工验收。

1999 年
1 月 1 日，口罩厂与医院服务站机构合并，统称为“云锡总医院劳动防护用品厂”。
1 月，云锡公司 1 月 11 日党政联席会议研究决定，何培瑞因健康原因不再担任医院副院长职务(保留副处级)。
2 月 24 日，根据云锡公司要求，成立云锡总医院重要情况和重大事件信息报送领导小组。
4 月 1 日， 《云锡总医院一次性投诉待岗制试行办法》 正式实施。
4 月，首次开始对药品让利及医药成本进行效能监察。
5 月 6 日，王新文被评为云锡公司 1998 年十杰生产能手。
5 月，云锡公司党委 5 月 10 日扩大会议研究决定，燕清源任公司卫生处处长，不再担任医院院长职务；刘孝红增补为院党委委员，任医院副院长主持行政全面工作；蒋涛任医院副院长；陶建保任医院党委副书记、副院长；陈彝安不再担任公司卫生处处长职务。
6 月，因在 1998 年第四次全国城市卫生竞赛中成绩显著，云锡总医院受到个旧市爱国卫生运动委员会表彰奖励。
同月，对完善急救措施作出 13 条补充通知。
8 月 30 日，实行院领导民主接待日制度；建立实施厂务公开制度。
8 月，医院与云锡技校联合开办三期电脑普及培训班，有 208 名在职职工参加学习，为全院实现电脑网络管理奠定基础。
10 月，职工集资建设的个旧市五一新村 24 幢住宅竣工，建筑面积 2844.67 平方米。对个旧市和平新村 10 幢职工住宅加盖卫生间改造。
11 月，为保障医疗临床用血安全，根据国家卫生部要求，成立临床输血管理委员会。主任郭永昌，成员蒋涛、杨培森、王新文、黄秀华、高秀敏。建立血库，制定严格的管理规定和工作人员职责。
同月，云锡公司批准建盖门诊大楼，建筑面积 9500 平方米，概算投资 665 万元。
12 月，经个旧市卫生局、市残联考核，同意云锡总医院向云南省卫生厅、省残联申报云南省“视觉第一中国行动”定点医院。2000 年 6 月云南省卫生厅、省残联批准同意。

2000 年
1 月，云锡总医院调整内部结构，深化内部改革，对劳研所实行整体分块搞活。出勤奖、奖金和技术职务津贴与医院主体脱勾，自己创收解决。在整体分块搞活中的富余人员以四种方式分流：辞职、下岗、内部休养、符合条件者办理准失业。
3 月，云锡总医院调整、健全医疗护理委员会、药事管理委员会、病案管理委员会，医院抢救组织、控制院内感染委员会、学术委员会、医疗技术鉴定委员会等七个委员会，以充实部分委员退休、调离的空缺。
4 月，为增强竞争力，对患者提供方便快捷的医疗服务，从 4 月 1 日起实行门诊星期六、星期日上班工作制。
同月，在云锡公司各二级单位中聘请 20 名医德医风监督员，主动接受患者和社会的监督，促进医德医风建设。
5 月，外科副主任医师旦恩福评选为云锡公司 1999 年度技术能手。
7 月，个旧市社保局把云锡总医院列为工伤保险定点医院。为规范工伤就医行为，合理控制工伤医疗费用，避免不必要的纠纷，维护企业参保工伤职工的利益和医院的长远利益，医院成立工伤保险领导小组，按个旧市社保局工伤就医的要求制定相关规定。
同月，有色工业总公司主办的 《有色医学杂志》 第 2 期由云锡总医院编辑出版。
8 月，经云锡公司同意，云锡总医院首次在全司范围内的全民和集体在册职工中公开招聘 25 名护理人员，根据专业理论和实际操作考试择优录用。
10 月，对临床科室用药实行比例控制，以减轻病人药费负担，维护医院长远利益。
同月，以外科系统为试点，试行“住院费用一日清”制度，试行效果较好，达到医保要求。“住院费用一日清”的施行得到社会和患者的欢迎，随后逐步在全院实行。
11 月，云锡总医院全面贯彻实施 《医师法》，按上级卫生部门要求对 209 人进行执业医师资格认证。
同月，根据云锡总医院建议，云锡公司向红河州人民政府请示，将云锡总医院同时申报为红河州肿瘤医院。

2001 年
1 月，云锡总医院全院护理人员首次参加中华人民共和国注册护士。
2 月，为适应全国城镇职工基本医疗保险工作，协调医、保、患三方关系，成立云锡总医院城镇职工基本医疗保险工作领导小组。组长刘孝红，副组长郭永昌、蒋涛，成员俞岩、张福寿、叶金芬、王子安、袁曼芸、徐辉、彭建民、黄秀华、马宁。医保领导小组下设医疗保险办公室，俞岩兼任办公室主任。
3 月，受也门共和国政府邀请，云锡总医院五官科副主任医师孙传理、五官科原主任邹庆永通过考核竞聘参加由云南省工人医院牵头组织的医疗队，赴也门共和国进行为期 2 年的医疗支援工作。云锡总医院派医务工作者到国外进行医疗援助在红河州尚属首次，红河州科协、个旧市卫生局、云锡科技处及医院党政领导、科主任等 60 余人举行座谈会为他们送行。
5 月，云锡总医院副主任药师杨如荣评为云锡公司 2000 年度劳动模范。
同月，云锡总医院制定 《云锡总医院病历质量考核办法》 发到临床科室，由医务科组织按条文进行考核，以促进病历书写质量的提高。
同月，云锡总医院赠送一台 56-200mAX 线机给绿春县卫生局大水沟乡卫生院，放射技师李跃恩到现场进行机器安装、调试及操作人员技术培训。
8 月，云锡总医院实行机关改革，调整机构，精减人员，精减合并科级建制 3 个、股级建制 2 个；为适应全国城镇医疗卫生体制改革和医保的全面启动，新增设科级建制一个(医疗保险办公室)，张福寿任副主任。
9 月，中国医科院肿瘤医院肿瘤研究所、云锡总医院劳研所、华西医科大附一院肿瘤中心、中国医科院协和医院四单位签订协议书，联合申请题目为“肺癌高危人群早期诊断技术与方法研究”的国家“十五”攻关计划课题。
同月，云锡总医院投资 1200 万元、建筑面积 9824 平方米的门诊综合大楼交付使用。
10 月，云锡总医院建院 60 周年庆祝活动暨门诊大楼落成典礼于 30 日隆重举行，北京医科院肿瘤医院、省人民医院、昆明医学院等友邻单位来人、来电祝贺。
同月，为规范药品采购，增加采购透明度，保证群众用药安全，切实减轻不合理医药负担，云锡集团公司成立药品招标领导小组，由云锡总医院负责组织实施。对 2002 年 1—6 月份全司医疗单位 100 种常用药试行招标采购，有 98 种药品中标。仅半年用量，全司各医疗单位就降低药费 102 万，医院作为用药大户，占其中 60%左右。
12 月，根据国家经贸委 《国有大中型企业建立现代化企业制度和加强管理的基本规范》要求，打破“干部”和“工人”身份界线，减少管理层，建立管理人员能上能下、能进能出的管理机制。对 1985 年 1 月后聘用的干部及从外单位调入的聘用干部，从 2002 年 1 月起一律解聘(经 2001 年 12 月 26 日院职代会六届六次代表团组长会议审议通过)。

2002 年
1 月，云锡总医院根据云锡劳字(2000)72 号 《云南锡业公司职工培训管理试行办法》 精神，结合医院实际制定 《云锡总医院职工培训管理试行办法》，明确培训范围、报批程序、人员条件、要求、违约责任等。
同月，云锡总医院出台科技进步奖评审奖励试行办法，规定评审范围、程序和奖励标准。
同月，云锡总医院与红河、河口两县医保中心签订医保定点机构服务协议。
同月，与中国医学科学院肿瘤医院肿瘤研究所签订为期二年的国家科技攻关计划课题二级合同任务书。项目组织单位为国家卫生部，项目名称“心脑肺血管病及恶性肿瘤防治研究”，中国医科院肿瘤研究所承担“肺癌高危人群筛查早诊技术与方法研究”课题，负责人杨治华；医院劳研所承担“云锡职业性肺癌高危人群的筛查早诊技术与方法的研究”分课题，负责人姚树祥。
同月，按照省委(2002)3 号文件精神和州政府、云锡的要求，医院提出“云锡总医院与集团公司剥离设想方案”初稿。
同月，云锡总医院决定，专业技术职务资格认定、聘任与执业资格考试挂钩，连续三次未通过执业医师资格考试者调离专业技术岗位。
同月，云锡总医院与中国人寿保险公司个旧市支公司签订 《住院医疗保险定点医院协议书》。
1 月 28 日，云锡总医院设立“新技术引进奖”，凡在本评审年度内医院从未开展过的、超过本人职称应知应会水平、具有一定难度，对本专业技术进步有推动作用的新技术引进者（新技术开展后能独立操作完成），开展后具有较好社会效益和经济效益，均可参加评选。
3 月，云锡总医院向医疗对口扶贫协作单位元阳县人民医院赠送价值 5 万余元的病理切片机、脱水机、恒温烤箱等设备。
同月，云锡总医院向红河县医保中心赠送价值 8000 余元的医保专用计算机一台（套）。
同月，云锡总医院与红河州医疗保险基金管理中心签订有效期 2002 年 4 月 1 日～2002年 12 月 31 日的 《离休干部医疗保障定点医院服务协议》。
4 月，云锡总医院制定医技科室工作质量考核办法，促使医技工作面向临床科室和患者，为临床和患者提供放心、快捷、方便、满意的服务。
4 月 19 日，云锡总医院经院职代会团组长会议讨论，原则通过对临床科室以新的核算方法从 5 月起试行成本考核分配办法，原考核分配办法停止执行。
5 月，云锡集团公司办公会 5 月 22 日研究决定，云锡总医院所属二门诊从即日起划归云锡老厂锡矿医院管理。
6 月，药剂科、医务科、护理部、纪委等部门组成招、评标领导小组，对 30 余种一次性医疗器械用品进行招标采购，平均降价 19.8%。
7 月，云锡总医院为加强科室管理，严控治疗成本，促使全院管理工作从粗放型向节约型转变，制定院字 〔2002〕 19 号文件从医、护、治疗、检查、用药、用材等各个工作环节加强核算管理。
8 月 23 日，云锡总医院的中共党员、儿科主任医师、第五任院长孙文铨因病抢救无效辞世，享年 73 岁。
8 月，云锡总医院与泰康人寿保险股份有限公司红河中心支公司签订为期一年的 《医疗保险指定医院协议书》。
9 月 11 日，楚雄滇中冶炼厂突发 70 余人中毒公共卫生事件，云锡总医院应邀派主任医师李森林、主治医师张智刚前往诊治，经诊查确定为急性砷化氢中毒，提出诊治意见和改进措施挽救了病人生命，得到厂方好评。
9 月 18 日，云锡总医院外科主任医师王志铭因病医治无效辞世，享年 73 岁。
9 月，卫生部第一次在全国统一病历书写规范。根据卫生部、国家中医药管理局 2002年 190 号文件关于 《病历书写基本规范 （试行）》 的要求，云锡总医院修改补充病历质量考核标准。
10 月，配合“基本医疗保险制度”的实施，云锡总医院制订相关管理制度，要求各科室相关人员必须尽快熟悉掌握州、市医保中心有关政策，对患者做好宣传工作。
同月，云锡总医院与个旧市医疗保险基金管理中心签订 《城镇职工基本医疗保险定点医疗机构医疗服务协议书》。
11 月，云锡总医院与云南锡业集团有限责任公司社会保障处签订 《企业工伤保险定点医疗机构医疗服务协议书》。
12 月，云锡总医院派出 24 名护理骨干，为老厂片区的护理人员进行岗位技术操作及基础理论知识培训。
同月，云锡总医院与红河州医疗保险基金管理中心签订 《城镇职工基本医疗保险定点医疗机构服务协议》。
同月，云锡总医院与中国太平洋人寿保险股份有限公司红河中心支公司签订 《医疗保险合作协议书》。

2003 年
1 月，二门诊划离老厂锡矿医院仍归总医院管理。
3 月，为配合州、市、云锡医疗保险统筹，云锡总医院启动与医保关联的计算机管理网络系统，并逐步投入临床运用。
4 月，云锡公司所属全民、集体单位从 4 月 1 日起整体加入个旧市基本医疗保险统筹。
至此，原来的“劳保医疗及公费医疗”制度宣告结束，由“城镇职工基本医疗保险”所替代。全院各科室、部门的工作均按医保要求进行操作。
同月，非典型肺炎 （SARS） 在北京、广东等地流行，为抗击非典，云锡总医院制定出应急处理预案，成立防治小组、专家组及相应机构。21 日发热门诊开诊，近期一切工作围绕“非典”防治的所有事宜进行。投入专项资金 20 万余元，组织专业知识学习培训 7 项，1800 余人次参加，派人参与有关部门开通的防非典市民咨询服务热线解答。医院派出医护人员王宁、谷彩英、谢丽萍、丁晓昀、谢志高、张艳、王霞、段士林、朱正东等人参与市疾控中心、防非典观察站和发热门诊抗击非典第一线的工作。
5 月 14 日，红河州委、州政府、云锡集团公司在州政府常务会议室召开联合工作会议，专题研究云锡自办医院移交地方政府的有关问题，明确将云锡总医院、云锡精神卫生院移交州政府，由州卫生行政部门统一管理。
5 月 15 日，为确保医院移交地方政府的各项工作顺利完成，成立“云锡总医院移交工作领导小组”。组长刘孝红，副组长常润生、郭永昌、李华锋，成员有人事科副科长周平、财务科科长叶金芬、党政办主任马宁、审计室副主任黄秀华、药剂科副科长徐辉、设备科副科长黄健、总务科副科长廖学禹、医务科长张敬学、护理部副主任袁曼芸，分成资产组、人事组、党群组开展各项工作。
5 月 21 日，红河哈尼族彝族自治州人民政府与云南锡业集团有限责任公司共同制定《关于云锡总医院、云锡精神卫生院移交、接收方案》，双方分别组建以副州长洪丹平、云锡常务副总经理杨超为组长的移交工作领导小组。
5 月 23 日～26 日，洪丹平副州长、州卫生局何建疆局长等 17 人，代表州政府正式与云锡集团公司杨超常务副总经理、汪继红副总经理等 9 人进行多次会谈，统一思想，达成共识，形成《关于云锡总医院、云锡精神卫生院移交、接收会谈纪要》。
6 月 30 日，云锡总医院剥离云南锡业集团有限责任公司，一次性整体移交给红河州人民政府，由州卫生行政部门依法进行行业管理。移交协议签字仪式在十号楼宾馆举行。移交方法定代表人肖建明董事长，接收方法定代表人白成亮州长出席签字仪式。在移交协议书上签字的移交方签字人汪继红，接收方签字人洪丹平。自协议签字之日起，云锡总医院正式更名为红河哈尼族彝族自治州第三人民医院 （以下简称州三医院），加挂红河哈尼族彝族自治州肿瘤研究防治中心牌子。医院发展的重点方向是肿瘤预防、治疗研究，适当发展综合科目。医院性质为政府举办、实行企业化管理的非营利性全民所有制医疗卫生事业单位，所有
权属红河州人民政府，经营权属红河州第三人民医院，具有独立法人资格，实行独立核算、自主经营、自负盈亏、自收自支、自主用人、自主分配。
7 月，云锡公司对医院移交后续工作作出决定：劳研所成建制整体移交个旧采选厂管理，原云锡总医院幼儿园整体移交云锡建安总公司管理，原云锡总医院劳动防护用品厂由锡都实业总公司管理，原云锡总医院未移交的食堂、内休、门卫等 45 人划归个旧采选厂管理。
原云锡总医院、古屯中心医院离退休人员及七月份办退休手续的人员交由云锡集团公司机关工作部管理。
红河州卫生局向各有关单位发出通知：根据移交协议，原“云南锡业公司总医院”印章作废，7 月 9 日起启用“红河哈尼族彝族自治州第三人民医院”及“红河哈尼族彝族自治州肿瘤防治研究中心”新印章。同时医院内部开始启用办公室、人事科、财务科等 18 枚新印章。
9 月 8 日，州三医院召开由副院长常润生主持，有梁裳缇、周志君、黄绍锵、苏金林、汪晓洁、毋江洪、李建民、甘和平、李致华、黄健等参加的购买医用直线加速器论证会，听取专家意见。大家一致认为，从加快医院建设，为全州肿瘤患者提供先进的治疗需求考虑，应该尽快购置医用直线加速器。
9 月 22 日，州三医院副院长常润生、肿瘤科副主任医师毋江洪、主管技师甘和平一行三人到北京、山东等生产和使用直线加速器的厂家与医院进行实地考察后，写出考察报告及建议。
9 月，根据州卫生局 〔2003〕 57 号文件 《关于实施药品托管的通知》 要求，6 月份州三医院成立药房托管工作领导小组，筹备药房实行托管的各项工作并向各药业公司招标。经评标议标，最终确定红河州第三人民医院药房委托红河州康宁医药有限公司管理，委托协议有效期 2 年 （自 2003 年 10 月 1 日～2005 年 9 月 30 日止），协议到期双方可以协商延续。
同月，投资 19.5 万元制作安装门诊大厅双色电子显示屏，传递医院技术进步、医疗服务、医药价格等信息。
10 月，云锡退休人员管理中心与州三医院签订协议，借用州三医院退管会办公室 2 层楼房屋一幢和退休人员活动室一间，房屋内现有办公设施、活动设施一并给云锡退管中心使用。
同月，州三医院向州卫生局、省卫生厅提出申请购置医用直线加速器获批准。
同月，根据省、州卫生厅局的紧急通知，州三医院成立抗震减灾、卫生防疫、防病医疗小组，随时做好抗御自然灾害的应急工作。
11 月，州三医院成立人事制度改革领导小组。
同月，州三医院首位通过竞聘演讲答辩、民主测评、组织批准的护士罗涛到内四科任护士长。

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